Mục tiêu của "Manh mối Jr: Trường hợp chiếc bánh bị mất tích" là điều hướng thông qua các manh mối để xác định ai đã ăn chiếc bánh, chiếc bánh được ăn khi nào và đồ uống nào đã được tiêu thụ cùng với chiếc bánh. > Trò chơi được khuyến khích cho hai đến sáu người chơi từ 5 đến 8 tuổi và nó bao gồm bảng trò chơi, nhân vật và đồ đạc, một con quay, căn cứ của người chơi, thẻ bí ẩn và sổ ghi chú của thám tử.
Người chơi bắt đầu bằng cách chọn một thiết bị di chuyển hoặc cơ sở của người chơi và đặt nó vào màu phù hợp trên bảng trò chơi. Người chơi đầu tiên quay con quay và di chuyển về phía trước số khoảng trống được hiển thị trên con quay. Nếu người chơi hạ cánh trên một không gian đã bị chiếm dụng, không gian đó sẽ bị bỏ qua hoặc người chơi có thể chọn đợi để nhìn vào phòng trên bảng trò chơi. Khi hạ cánh xuống một không gian liền kề với một căn phòng, người chơi có thể mở khóa lỗ khóa và khám phá manh mối trong căn phòng. Sử dụng sổ tay thám tử, người chơi nên viết ra các manh mối và phỏng đoán trong khi di chuyển xung quanh bảng trò chơi. Khi một người chơi đã sẵn sàng đoán xem ai đã ăn bánh, ăn ở đâu và đồ uống nào đã được tiêu thụ, người chơi đó phải công bố kết quả đoán và có cơ hội xem thẻ bí ẩn để xem đoán có đúng không. Nếu đoán đúng, người chơi sẽ thắng trò chơi. Nếu không, người chơi phải đặt lại thẻ và trò chơi tiếp tục với những người chơi khác.