Thủng vòm họng có thể do các vấn đề về phát triển trong thời kỳ trước khi sinh, các bệnh truyền nhiễm như bệnh lao hoặc các bệnh khác như lupus hoặc lạm dụng cocaine, như WebMedCentral đã nêu. Nếu một cá nhân phát hiện lỗ thủng vòm miệng, người đó nên tìm kiếm sự chăm sóc y tế.
Thủng vòm miệng là tình trạng vòm miệng mềm hoặc cứng ở phía trên miệng tạo thành các "lỗ" hoặc vết loét. Nguyên nhân phổ biến nhất của thủng vòm miệng là một dị tật bẩm sinh được gọi là "sứt môi", trong đó vòm miệng không hình thành đúng cách, để lại một lỗ trên vòm miệng và môi bị biến dạng. Nguy cơ sứt môi càng tăng nếu mẹ bầu uống rượu, hút thuốc lá trong thai kỳ. Tình trạng này thường được điều trị bằng phẫu thuật thẩm mỹ.
Nguyên nhân phổ biến thứ hai gây thủng vòm miệng là lạm dụng thuốc. Nó được tìm thấy nhiều nhất ở những người lạm dụng cocaine nhưng cũng có thể xảy ra với heroin và các chất ma tuý khác. Khi hít nhiều lần cocaine, cocaine có thể ăn mòn khoang mũi và cuối cùng cắt ngang đến vòm miệng.
Các lỗ trên vòm miệng hình thành sau này trong cuộc đời có thể là dấu hiệu của các bệnh nghiêm trọng và các bệnh như lao, phong, bạch hầu và bệnh Crohn.