Có thể loại bỏ cỏ ba lá một cách hữu cơ. Cỏ ba lá mọc ở những khu vực của bãi cỏ nơi mức nitơ thấp và phục hồi nitơ trở lại cỏ. Một cách để loại bỏ cỏ ba lá là nhổ bỏ nó và xới đất.
Việc xới đất tạo ra sự thông khí, điều này sẽ chuẩn bị đất cho cỏ khỏe mạnh mới phát triển. Phân hữu cơ nên được bổ sung vào đất, sau đó là hạt cỏ. Tưới nước cho bãi cỏ khi cần thiết sẽ khuyến khích cỏ mới mọc ở nơi từng có cỏ ba lá. Quá trình này có thể mất từ 3 đến 30 ngày, tùy thuộc vào loại hạt cỏ.