Các con sông chính của Puerto Rico là sông La Plata, Río Grande de Loíza, sông Bayamón và Río Grande de Arecibo. Tất cả các con sông chính của Puerto Rico đều chảy về phía bắc qua các ngọn núi đến Đại Tây Dương.
Sông La Plata là sông dài nhất trong số các con sông, nằm ở phía bắc của hòn đảo. Nó dài khoảng 60 dặm. Río Grande de Loíza là rộng nhất và dài thứ hai trên đảo, chạy dài 40 dặm. Sông Rio Bayamón chảy qua đô thị Bayamon, nằm trên thung lũng ven biển phía bắc. Río Grande de Arecibo cũng chảy qua phần phía bắc của hòn đảo, đi dọc theo một hẻm núi sâu 200 m và rộng 800 đến 1.200 m.
Có ít con sông hơn ở phần phía nam của hòn đảo và chúng thường ngắn hơn và ít lưu lượng hơn so với các con sông ở phía bắc. Nhiều con sông chảy về phía nam cạn kiệt trong phần lớn thời gian của năm. Puerto Rico không có bất kỳ hồ lớn tự nhiên, lâu năm nào, mặc dù nó có 15 hồ chứa được gọi là hồ. Các hồ chứa này được hình thành do việc đắp đập của các con sông chính.
