Bobby Jones đã có vợ, Mary Rice Jones và ba con, Robert Jones III, Mary Ellen và Clara. Con trai của Bobby Jones, Robert III, đã chết vì một cơn đau tim gây tử vong chỉ hai năm sau khi Bobby Jones qua đời vì bệnh tủy sống.
Jones cũng có một cháu trai tên là Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV có con, nhưng con trai lớn của ông đột ngột qua đời. Robert Jones IV có bằng thạc sĩ về thần học và tiến sĩ về tâm lý học. Anh ấy thực hành tâm lý gần Atlanta.
Jones là một tín đồ sùng đạo Baptist và dạy trường Chúa nhật, nhưng vợ anh là một người Công giáo sùng đạo. Cặp vợ chồng này đã nuôi dạy các con của họ theo đức tin Công giáo, nhưng Robert III đã kết hôn với một người theo đạo Methodist, theo Tạp chí Faith. Bobby Jones kết hôn với Mary Rice vào năm 1924. Robert Jones III chơi gôn và giành chức vô địch Thành phố Atlanta.
