Mặc dù có thể giao phối một con chó đực với con gái của mình, nhưng đó là một quá trình được gọi là giao phối cận huyết và có thể tạo ra các vấn đề ở con cái. Động vật được lai tạo, thường được lai tạo để bảo tồn các đặc điểm ưu tiên, có tỷ lệ cao hơn các dị tật di truyền lặn trở thành các tính trạng vô hiệu.
Một số đột biến tiêu cực phổ biến của chó lai bao gồm loạn sản xương hông và lệch xương bánh chè. Chó lai cũng có hệ thống miễn dịch kém hơn và khả năng sinh sản kém, và có xu hướng kém thông minh hơn, do đó, khả năng huấn luyện kém hơn so với chó không lai. Những con chó lai cũng có thể hung dữ hơn và có nhiều vấn đề về hành vi hơn những con không lai của chúng.
