Nhiều người định cư ban đầu ở New York, New Jersey, Pennsylvania và Delaware là những người nhập cư từ các quốc gia châu Âu, nơi họ đã bị đàn áp vì niềm tin tôn giáo của họ. Trong số đó có các nhóm Quakers, Lutherans, Anh giáo, Baptists và Dutch Mennonites, mỗi nhóm có tập quán và tín ngưỡng riêng. Theo Trung tâm Nhân văn Quốc gia, chủ nghĩa đa nguyên tôn giáo này đã đóng một vai trò trong việc tạo ra nền văn hóa đa dạng, khoan dung về tôn giáo của các thuộc địa trung lưu.
USHistory.org mô tả cách sự hiện diện của rất nhiều nhóm tôn giáo khác nhau trong một khu vực đã khiến sự thống trị của một đức tin ở các thuộc địa trung lưu gần như không thể thực hiện được. Các nhóm khác nhau phần lớn đã dung thứ cho nhau, vì mỗi nhóm đều trải qua nguy cơ bị bức hại như nhau. Trong những ngày đầu của Thuộc địa Châu Mỹ, các thuộc địa ở giữa đóng vai trò như một vùng đệm giữa các thuộc địa phía bắc hơn, nơi Thanh giáo Anh là tôn giáo thống trị, và các thuộc địa phía nam, nơi Anh giáo phổ biến nhất. Bởi vì các thuộc địa trung lưu khoan dung hơn đối với bất đồng tôn giáo, những người lo sợ bị đàn áp ở phía bắc hoặc phía nam có thể chuyển đến các thuộc địa này và được chấp nhận nhiều hơn.
Ngay cả trong các thành phố riêng lẻ ở các thuộc địa trung lưu, có sự đa dạng tôn giáo lớn. Ví dụ, Trung tâm Nhân văn Quốc gia cho thấy một hình ảnh của đường chân trời của Thành phố New York được vẽ vào năm 1771. Trên bản đồ là 18 ngôi nhà thờ cúng khác nhau. Chỉ riêng các tôn giáo được đại diện bởi hình ảnh này là Cải cách Hà Lan, Anh giáo, Trưởng lão, Luther, Pháp Huguenot, Congregational, Methodist, Baptist, Quaker, Moravian và Do Thái.
