Sự khác biệt giữa Chihuahua đầu lê và Chihuahua đầu táo là hình dạng của hộp sọ. Chihuahua đầu táo có hộp sọ tròn, hình vòm giống quả táo. Đầu quả lê, hay còn gọi là hươu, hình dạng dẹt hơn ở phía trên với mõm dài hơn, giống quả lê hơn quả táo.
Theo tiêu chuẩn chính thức của Câu lạc bộ Giống Chihuahua Hoa Kỳ, dáng vẻ chính xác của Chihuahua luôn là "đầu quả táo". Đầu của con chó phải là hình tròn có mái vòm. Các nhà di truyền học tin rằng hình dạng quả táo là kết quả của sự kết hợp của các đột biến gây ra chứng não úng thủy và não úng thủy. Brachycephaly là một dị tật của hộp sọ khiến nó bị "bẹp" phía trước, dẫn đến mõm ngắn lại. Não úng thủy là tình trạng quá nhiều chất lỏng xung quanh não, có thể gây ra các vấn đề sức khỏe nghiêm trọng. Hình dạng con nai có vẻ hơi bị não úng thủy, nhưng không có mái vòm liên quan đến não úng thủy. Chó có đầu quả lê ít gặp vấn đề về sức khỏe hơn và có thể dễ nghe lời huấn luyện hơn, có lẽ vì chúng không mắc bệnh não úng thủy.
Theo Câu lạc bộ Giống Chihuahua Hoa Kỳ, nhiều Chihuahua bị các vấn đề sức khỏe liên quan đến bệnh não úng thủy. Các triệu chứng của não úng thủy tắc nghẽn bao gồm buồn ngủ, hung hăng, khó khăn trong việc bẫy chuột, dáng đi thay đổi và trong trường hợp nghiêm trọng là co giật. Tuy nhiên, nếu Chihuahua bị não úng thủy không do tắc nghẽn thì có thể không có dấu hiệu lâm sàng rõ ràng.
