Bằng chứng cho thấy liệu sô cô la có gây đi tiêu phân lỏng hay không là không thể kết luận. Một số nghiên cứu cho thấy caffeine trong sô cô la có thể gây ra phân lỏng, Beth W. Orenstein cho biết trên Everyday Health. Ngoài ra, các bằng chứng khác cho thấy sô cô la đen có thể ức chế phân lỏng, WebMD tuyên bố.
Caffeine được tìm thấy trong sô cô la và kích thích hệ tiêu hóa. Orenstein giải thích, nó khiến thức ăn di chuyển qua đường tiêu hóa nhanh hơn, có thể dẫn đến tiêu chảy. Mặc dù vậy, vào năm 2005, một nghiên cứu đã tiết lộ rằng flavonoid chứa trong hạt ca cao và các sản phẩm sô cô la đen có thể giúp giảm tiêu chảy, theo WebMD. Các flavonoid có tác dụng ức chế sự mất dịch ruột, góp phần tạo ra phân lỏng.