Theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh, HPV ở miệng không gây ra dấu hiệu hoặc triệu chứng ở hầu hết mọi người và vi rút này tự biến mất. Trong một số trường hợp hiếm hoi, HPV ở miệng có thể dẫn đến ung thư đầu và cổ. Một số dấu hiệu và triệu chứng phổ biến của bệnh ung thư do HPV ở miệng bao gồm đau họng thường xuyên, khàn tiếng, đau tai, hạch bạch huyết mở rộng, đau khi nuốt và sụt cân không rõ nguyên nhân.
Theo CDC, các loại HPV ở miệng có nguy cơ thấp khác có thể gây ra mụn cóc ở miệng và cổ họng. Trong khi các nghiên cứu cho thấy có tới 7% dân số Hoa Kỳ nhiễm HPV ở miệng, chỉ 1% có chủng HPV gây ra ung thư đầu và cổ họng, tính đến năm 2014. HPV gây ung thư bằng cách biến các tế bào bình thường trở nên bất thường, một quá trình mà cơ thể con người thường không cảm nhận được.Theo CDC, hầu hết các trường hợp nhiễm HPV đều tự khỏi mà không cần can thiệp. Khi tình trạng nhiễm trùng không biến mất, trong nhiều năm, nó có thể dẫn đến ung thư. Điều này thường xảy ra khi một người hút thuốc hoặc nhai thuốc lá kết hợp với việc nhiễm vi-rút và vi-rút HPV tương tác với các yếu tố này để gây ung thư. Các nghiên cứu cho thấy rằng HPV ở miệng có thể lây truyền qua tiếp xúc từ miệng đến bộ phận sinh dục với một người bị nhiễm HPV. Kể từ năm 2014, không có xét nghiệm nào được FDA chấp thuận đối với HPV ở miệng.