Nhược điểm của việc cho trẻ bú bình bao gồm chi phí, sự chuẩn bị, thời gian và công sức, trang thiết bị cần thiết cũng như thiếu các kháng thể và lợi ích sức khỏe của người mẹ. Ngay cả các lựa chọn sữa công thức cũng có thể là một bất lợi vì có quá nhiều lựa chọn và trẻ sơ sinh có thể không chấp nhận lựa chọn đầu tiên của cha mẹ.
Việc cho trẻ bú bình có thể rất tốn kém. Bản thân sữa công thức rất đắt và cần nhiều sữa trong năm đầu đời của trẻ. Các chi phí bổ sung bao gồm nước cho trẻ sơ sinh, bình sữa, núm vú, đồ dùng để pha sữa công thức khi di chuyển và đồ hâm nóng bình sữa. Bàn chải làm sạch, chất khử trùng và thiết bị tiệt trùng cũng làm tăng thêm chi phí cho việc bú bình.
Phải mất thời gian và công sức để chuẩn bị chai. Sữa công thức phải được pha, đổ vào bình và hâm nóng trước khi bé có thể ăn, và việc chuẩn bị này đôi khi xảy ra khi bé la hét, không vui ở phía sau. Sau khi trẻ ăn, tất cả các bộ phận và bộ phận của bình sữa và hỗn hợp phải được rửa sạch và chuẩn bị cho lần sử dụng tiếp theo.
Cho trẻ bú sữa công thức không cung cấp cho trẻ bất kỳ kháng thể nào mà sữa mẹ cung cấp. Những kháng thể này giúp bảo vệ em bé trong khi hệ thống miễn dịch của nó rất mỏng manh. Điều quan trọng cần lưu ý là sữa mẹ bú bình vẫn cung cấp cho trẻ những kháng thể đó.
Đi du lịch với một em bé bú bình cần phải đóng gói rất nhiều thứ trong túi tã. Bình sữa, núm vú, nắp, nước, sữa công thức, muỗng đo lường và máy hâm sữa đều phải mang theo bất cứ nơi nào bé đi. Ngoài ra, em bé sẽ cần nhiều bình sữa, núm vú, nắp đậy và nước cho những lần đi chơi kéo dài hơn một lần bú.
Mặc dù có nhiều lựa chọn về công thức, nhưng một nhược điểm nằm ở chỗ số lượng lựa chọn quá lớn. Nhiều bậc cha mẹ chọn một loại sữa công thức chỉ để biết rằng con họ không thể dung nạp được loại sữa công thức đó, và vì vậy họ thử loại khác. Có thể có nhiều thử và sai trước khi tìm ra công thức phù hợp.