Một số chủ đề được khám phá trong "City of Glass", bao gồm đồng tính luyến ái, tình yêu, Cơ đốc giáo, các nhân vật chính quyền và các niềm tin tôn giáo khác. Định kiến cũng là chủ đề chính trong cuốn sách. Ví dụ: "Thợ săn bóng đêm" nghi ngờ một số nhóm người, bao gồm cả ma cà rồng có thể chịu được ánh sáng mặt trời.
Tình yêu là một trong những chủ đề quan trọng nhất trong "City of Glass". Câu chuyện tập trung vào hành trình giải cứu mẹ của Clary. Việc Clary vào thành phố nơi mẹ cô bị giam giữ là bất hợp pháp, vì vậy đây là một hành trình nguy hiểm đòi hỏi sự hy sinh đáng kể.
Ngoài ra còn có một số mối quan hệ lãng mạn giữa các nhân vật trong suốt cuốn sách. Một trong những ma cà rồng đứng đầu trong cuốn sách, Raphael, sử dụng hệ thống niềm tin của Cơ đốc giáo để thuyết phục những người còn lại trong gia đình rằng anh ta không phải là ma cà rồng. Bằng cách đến nhà thờ thường xuyên và đeo thánh giá, anh ta tránh được sự phát hiện. Các hệ thống tín ngưỡng khác cũng được đề cập trong cuốn sách, bao gồm Ngôi sao của David và Con dấu của Solomon.
Đồng tính là chủ đề trở nên quan trọng khi nhân vật chính, Clary, nhìn thấy một nhân vật nữ hôn một cô gái khác. Hai nhân vật nam cũng tham gia vào một tình tiết phụ đồng tính trong cuốn sách. Ngoài ra, ngôn từ tục tĩu cũng phổ biến trong "City of Glass".
