Các tác dụng phụ có thể xảy ra của thuốc dầu cá bao gồm ợ hơi, hôi miệng, buồn nôn, ợ chua và chảy máu cam, theo WebMD. Các tác dụng phụ khác bao gồm phân lỏng và phát ban ở một số người dùng. Những người dùng nhiều hơn liều khuyến cáo 3 gam mỗi ngày có thể bị các vấn đề về đông máu.
Mặc dù các tác dụng phụ với các chất bổ sung dầu cá thường hiếm gặp, nhưng việc dùng các chất bổ sung này trong bữa ăn hoặc đông lạnh viên nang trước tiên thường làm giảm các tác dụng phụ thường gặp, theo WebMD.
Các chất bổ sung dầu cá thường an toàn cho hầu hết mọi người, bao gồm cả phụ nữ mang thai và cho con bú, miễn là chất bổ sung được dùng với liều lượng thấp, theo WebMD. Vì lượng dầu cá cao có thể làm giảm hoạt động của hệ thống miễn dịch và khả năng chống lại nhiễm trùng, những người đang dùng thuốc và người cao tuổi nên theo dõi cẩn thận lượng dầu cá mà họ dùng. Với lưu ý này, những người bị HIV /AIDS hoặc các tình trạng ảnh hưởng đến hệ thống miễn dịch khác nên hạn chế dùng các chất bổ sung dầu cá với liều lượng lớn.
Những người bị bệnh gan nên tiến hành một cách thận trọng, vì dầu cá có thể làm tăng nguy cơ chảy máu đối với những người bị sẹo gan, WebMD nói. Bổ sung dầu cá có thể làm tăng các triệu chứng trầm cảm, rối loạn lưỡng cực và bệnh tiểu đường, đồng thời có thể làm giảm huyết áp quá đột ngột ở những người đã dùng thuốc hạ huyết áp.