Theo WebMD, sữa chua được coi là an toàn và ít có nguy cơ tác dụng phụ ở những người khỏe mạnh. Vì lý do này, trẻ em, người lớn và phụ nữ mang thai có thể thường xuyên tiêu thụ sữa chua như một phần của chế độ ăn uống. Trong một số trường hợp, sữa chua đã bị nhiễm vi khuẩn, gây bệnh. Vì lý do này, điều quan trọng là sữa chua phải được chế biến và bảo quản đúng cách để tránh bị nhiễm khuẩn.
Đối với những người có hệ thống miễn dịch bị tổn hại, chẳng hạn như những người bị nhiễm HIV hoặc đã trải qua cấy ghép nội tạng, ăn sữa chua có một nguy cơ nhỏ. Trong những trường hợp như vậy, có nguy cơ Lactobacillus, một trong những vi khuẩn sống trong sữa chua, có thể được phép sinh sản đến mức có thể gây bệnh trong cơ thể. Mặc dù trường hợp này hiếm xảy ra nhưng những người có hệ thống miễn dịch bị suy giảm nên tránh ăn một lượng lớn sữa chua có chứa vi khuẩn sống mà không nói chuyện trước với bác sĩ.
Sữa chua, được làm thông qua quá trình lên men sữa, được sử dụng như một phương thuốc để phục hồi vi khuẩn bình thường được tìm thấy trong ruột sau khi sử dụng kháng sinh. Ăn sữa chua thường xuyên đã được chứng minh là có hiệu quả trong việc điều trị nhiễm trùng âm đạo do vi khuẩn và nấm men, cũng như ngăn ngừa nhiễm trùng đường tiết niệu. Ăn sữa chua cũng có hiệu quả để kiểm soát cholesterol cao và điều trị nhiễm trùng Helicobacter pylori.