Một hệ thống bể tự hoại cơ bản được bố trí bao gồm một đường ống dẫn từ nhà đến bể tự hoại, một bể ngầm và một trường thoát nước. Hầu hết các hệ thống bể tự hoại dân dụng sử dụng trọng lực để di chuyển nước qua hệ thống.
Một đường ống dẫn nước thải từ hệ thống ống dẫn nước của ngôi nhà đến một bể chứa được chôn dưới đất. Bên trong bể, các chất rắn nặng hơn chìm xuống đáy, trong khi dầu mỡ và các vật liệu khác nổi lên trên. Ở giữa là một lớp nước tương đối trong, không có chất rắn. Bể được thiết kế để vi khuẩn phân hủy các chất rắn trong khi nước trong được đưa đến cánh đồng thoát nước. Sự phân hủy chất rắn tạo ra khí có mùi hôi và thoát ra bên ngoài.
Khi nước từ nhà vào bể, một lượng nước tương đương sẽ bị đẩy ra ngoài và chảy vào ruộng thoát nước. Lĩnh vực thoát nước bao gồm một loạt các đường ống trong các rãnh lót sỏi kéo dài ra khỏi bể. Khi nước được ép từ bể, nó chảy vào một hộp phân phối chia dòng chảy thành hai hoặc nhiều đường ống. Khi nước đi qua các đường ống, nó được hấp thụ vào đất, nơi tiếp tục xảy ra sự phân hủy các chất hữu cơ. Khả năng hút nước của đất quyết định độ lớn của ruộng thoát nước.