Giá trị của hệ thống Nintendo 64 dao động từ $ 28 đến $ 999,99 kể từ năm 2014. Giá thay đổi tùy theo kiểu máy, màu sắc và tình trạng của hệ thống. Hệ thống Nintendo 64 có giá trị hơn nếu chúng vẫn còn trong bao bì ban đầu.
Kiểu máy có giá trị thấp nhất là hệ thống tiêu chuẩn Nintendo 64 trong tình trạng đã qua sử dụng. Mô hình đáng giá nhất là hệ thống Atomic Black Nintendo 64 trong bao bì ban đầu của nó. Một khi Nintendo 64 đã được mở ra, giá trị của nó giảm đáng kể. Hệ thống Nintendo 64 Atomic Black trị giá $ 59,39 trong tình trạng đã qua sử dụng và $ 999,99 trong tình trạng mới. Hệ máy Nintendo 64 được bán trực tuyến và tại các cửa hàng bán lại đồ điện tử trên khắp đất nước.