Có một số nhược điểm khi sử dụng sóng siêu âm trong y tế, một trong số đó là khả năng gây ra lỗi cho người vận hành. Một số máy cũng tạo ra hình ảnh với độ phân giải hạn chế.
Siêu âm không thể được sử dụng để nghiên cứu bất kỳ bộ phận nào của cơ thể có chứa khí, vì vậy nó không phải là một công cụ hữu ích để chẩn đoán các vấn đề về phổi và đường tiêu hóa. Loại nghiên cứu này cũng rất hạn chế khi được sử dụng để xác định gãy xương và các vấn đề khác về xương.
Trang web CancerQuest cho biết một số lần quét siêu âm có thể tạo ra kết quả dương tính giả, khiến bệnh nhân phải làm sinh thiết và các thủ thuật xâm lấn khác không cần thiết. Siêu âm cũng không thể phát hiện ra sự vôi hóa của mô vú, nên việc phát hiện một số dạng ung thư vú trở nên kém hữu ích hơn.
