Mặc dù lò nướng tự làm sạch có thể tiết kiệm rất nhiều thời gian và không ít rắc rối trong nhà bếp, nhưng những lò nướng quá bẩn cần phải làm sạch trước một số lần. Việc chạy chu trình tự làm sạch với lượng bụi bẩn quá lớn có thể đòi hỏi nhiều chu kỳ và thậm chí có thể làm hỏng các bề mặt bên trong lò.
Chu trình tự làm sạch sử dụng nhiệt độ cực cao để đốt cặn thực phẩm. Một số loại tràn trở nên có vấn đề ở nhiệt độ cao. Cặn đường thực sự có thể bùng cháy, làm hỏng bề mặt bên trong lò. Việc đóng cặn quá nhiều có thể cản trở luồng không khí, khiến các bộ phận bị quá nhiệt và có thể gây ra sự cố điện. Càng loại bỏ nhiều vật liệu thì lò phải hoạt động lâu hơn để đốt cháy chúng.
