Một số cà chua chuyển sang màu đen ở phía dưới do thối đầu hoa, đó là kết quả của sự thiếu hụt canxi trong quá trình hình thành. Điều này thường xảy ra nhất trong việc làm vườn trong container; tuy nhiên, nó có thể xảy ra với bất kỳ kiểu làm vườn nào.
Sự thiếu hụt canxi xảy ra do tưới nước không phù hợp, tưới quá nhiều phân bón quá nhiều hoặc quá ít. Với quá ít nước, đất sẽ trở nên quá khô và cây không thể hấp thụ đủ canxi từ đất cho cà chua. Quá nhiều nước về cơ bản sẽ làm cây bị chết đuối và khiến nó không thể xử lý các chất dinh dưỡng từ đất. Cà chua là loài ăn nhiều và cần một lượng phân bón phù hợp để tiếp tục phát triển, nhưng quá nhiều phân bón có thể giết chết chúng. Bằng cách làm theo các hướng dẫn thích hợp để trồng cà chua, người ta có thể tránh bị thối đầu hoa.