Có thể nhận dạng chuột hươu bằng chiếc mũi dài, hình tam giác và đôi mắt to, đen. Chuột hươu thường có màu nâu, trong khi chuột nhà thông thường thường có màu xám.
Phần đầu của chuột hươu có màu từ nâu đến đỏ, và bụng của chuột có màu trắng. Chuột hươu có đôi tai to tròn, lông thưa. Chuột hươu có đuôi dài màu đỏ hoặc nâu ở phía trên và màu trắng ở phía dưới. Những con chuột thông thường có một cái đuôi màu sẫm, không có lông và có màu đặc trưng là đồng nhất. Chuột hươu cũng có thể có màu xám và trắng, chứ không phải là đỏ hoặc nâu, tùy thuộc vào khu vực mà chuột sinh sống. Cả chuột hươu xám và chuột nâu đều có phần dưới bụng màu trắng và đuôi có hai màu.
Chuột nhà trưởng thành lớn hơn chuột hươu. Kích thước điển hình của một con chuột hươu trưởng thành là khoảng 4 inch, hoặc 7 inch bao gồm cả đuôi. Một con chuột thông thường có chiều dài lên đến 8 inch.
Bàn chân sau của chuột hươu thường nhỏ hơn chuột nhà thông thường. Ngoài ra, sự phân tách màu sắc trên chuột hươu là đáng chú ý, trong khi chuột thông thường có màu sắc pha trộn với nhau dần dần. Đặc biệt có thể phân biệt được sự khác biệt về màu sắc giữa chuột hươu và chuột nhà khi kiểm tra đuôi.
