Theo Mayo Clinic, các rủi ro khi thực hiện nội soi bao gồm chảy máu, nhiễm trùng và tổn thương đường tiêu hóa, trong khi sốt, đau ngực và đau bụng là một trong những tác dụng phụ được báo cáo. Các lựa chọn thay thế cho nội soi bao gồm chụp CT và xét nghiệm hàng loạt GI cao hơn, eMedTV của tiểu bang.
Phòng khám Mayo giải thích: Nội soi sử dụng một camera thu nhỏ gắn vào một ống dài và mềm để tiến hành kiểm tra trực quan hệ tiêu hóa trên. Nội soi thường là một thủ thuật ngoại trú, an toàn nhưng có thể xảy ra chảy máu và nhiễm trùng, đặc biệt khi các thủ tục bổ sung như sinh thiết được thực hiện cùng một lúc.
Theo Mayo Clinic, nguy cơ chảy máu liên quan đến nội soi là thấp nhưng sẽ tăng lên khi đi kèm với các quy trình điều trị khác và có thể nghiêm trọng đến mức phải truyền máu. Nhiễm trùng thường nhẹ và có thể điều trị được bằng thuốc kháng sinh. Bác sĩ chỉ định nội soi có thể kê đơn thuốc kháng sinh phòng ngừa trước khi làm thủ thuật nếu bệnh nhân đặc biệt dễ bị nhiễm trùng. Rách thực quản hoặc các vùng khác của đường tiêu hóa trên là cực kỳ hiếm, nhưng có thể nghiêm trọng đến mức phải nhập viện.Các phương pháp thay thế cho nội soi thường không thể cung cấp chất lượng thông tin tương tự về đường tiêu hóa như nội soi, theo eMedTV. Các xét nghiệm hàng loạt GI trên và chụp CT sử dụng tia X để cung cấp hình ảnh trực quan của đường tiêu hóa, nhưng không cho phép bác sĩ nhìn trực tiếp vào các khu vực được kiểm tra.