Các vấn đề thường gặp với bể tự hoại là bùn trong rãnh thoát nước và các lỗ, lượng nước dư thừa trong ruộng thoát nước, bể không có khả năng xử lý chất rắn, sự nén chặt của đất trong bể tự hoại và cây cối mọc gần vị trí bể tự hoại . Sự tích tụ của các sản phẩm không phân hủy được bên trong bể tự hoại và sự phát triển của tảo trong đó là những vấn đề khác.
Bùn đi vào ruộng thoát nước làm tắc các lỗ thoát nước, có thể dẫn đến các chất trong bể tự hoại tích tụ trong nhà. Vấn đề này được giải quyết bằng cách bơm đầy bể chứa thường xuyên.
Nước vào ruộng thoát nước với số lượng lớn trong một khoảng thời gian ngắn dẫn đến nước thải bão hòa ruộng. Nếu nước này được phép tích tụ, nó có thể gây ra hiện tượng đọng lại trong các thiết bị đường ống. Ngoài ra, lượng nước bổ sung ngăn không cho chất rắn được xử lý và chất rắn sau đó có thể làm tắc nghẽn các đường ống phân phối.Một lý do khác khiến bể tự hoại không thể xử lý chất thải rắn là việc bổ sung nhựa vinyl, giấy và các sản phẩm không phân hủy sinh học vào bể. Những vật liệu này chiếm không gian bể, làm cho nước đầy nhanh chóng và đẩy các chất rắn nổi vào các đường ống phân phối.
Độ nén của đất trên bể xảy ra khi các phương tiện và thiết bị nặng được đặt trên đó. Đất bị nén chặt gây hư hỏng các bộ phận của hệ thống tự hoại và không cho phép trường thoát nước dễ dàng phân tán nước thải.
Phốt phát có trong chất tẩy rửa được đưa vào bể tự hoại sẽ thúc đẩy sự phát triển của tảo làm tắc nghẽn hệ thống phân phối. Rễ cây mọc gần bể có thể làm hỏng bể, đường ống và rãnh thoát nước.
