Có nhiều mã GameShark cho Metroid Fusion trên Game Boy Advance, theo BS Free. Để nhập các mã này, hộp mực trò chơi phải được lắp vào thiết bị GameShark và sau đó được lắp vào Game Boy Advance. Đầu tiên, nhập Mã kích hoạt: "00000F6D 000A" và "100008B4 0007." Nhập những mã này cho phép kích hoạt tất cả các trò gian lận khác.
Để bật mã lỗ hổng bảo mật, hãy nhập "33001249 0001." Điều này làm cho Samus tránh được thiệt hại trong suốt trò chơi. Dừng bộ hẹn giờ sự kiện bằng cách nhập "830008D8 00DA". Chụp nhanh hơn được bật bằng cách nhập "3300124E 0000." Mã này cho phép Samus thực hiện các phát bắn nhanh chóng mà không cần tạm dừng giữa các lần bắn.
Mã "83001252 A001" cho phép chạy nhanh, cho phép Samus chạy với tốc độ tối đa mà không mệt mỏi. Để bật bước nhảy lên mặt trăng, hãy nhập "74000130 03FE" và "83001260 0040." Cú nhảy lên mặt trăng giúp Samus tăng chiều cao nhảy lên đáng kể. Đối với tên lửa vô cực, hãy nhập "83001314 03E7". Để có tên lửa tối đa, nhưng không giới hạn, hãy nhập "83001316 03E7". Mã "33001318 0063" trang bị cho Samus số lượng siêu bom vô hạn.
Nếu người chơi đang tìm kiếm một hình thức chơi thử thách hơn, anh ta có thể lật tất cả tên lửa và bom có mã "3300131B 0000." Mở khóa tất cả vũ khí, bộ quần áo và các khả năng đặc biệt trước khi có được chúng thông qua chơi bình thường bằng cách nhập "4300131A FFFF" và "00000003 0002." Nhập "820382E4 0000" để tạm dừng bộ đếm thời gian trong trò chơi và đặt nó thành 00:00.
