Nếu sỏi thận quá lớn không thể đi qua đường tiết niệu, bác sĩ phẫu thuật có thể tiến hành nội soi niệu quản để loại bỏ sỏi ra khỏi cơ thể. Mặc dù bác sĩ phẫu thuật loại bỏ sỏi, nội soi niệu quản được coi là một thủ tục ngoại trú, theo National Kidney Foundation.
Trong nhiều trường hợp, tán sỏi bằng sóng xung kích được sử dụng để phá vỡ những viên sỏi thận lớn từ bên ngoài cơ thể. Tuy nhiên, một số người không phải là ứng cử viên tốt để tán sỏi, vì vậy nội soi niệu quản được sử dụng để thay thế. Trong quá trình nội soi niệu quản, bác sĩ phẫu thuật sẽ đưa một ống soi vào đường tiết niệu và loại bỏ sỏi thận. Theo National Kidney Foundation, nếu một viên sỏi rất lớn hoặc có hình dạng khác thường, phẫu thuật cắt thận qua da, một thủ thuật chọc thủng thận, có thể là cần thiết. Trong một số trường hợp hiếm hoi, bác sĩ phẫu thuật phải thực hiện thủ thuật mổ mở để loại bỏ sỏi thận.