Tiến trình của người chơi được tự động lưu vào cuối mỗi chương hoặc cấp độ của "Indiana Jones" cho Wii. Người chơi không thể lưu trò chơi theo cách thủ công.
Trong quá trình lưu tự động, biểu tượng chiếc mũ được hiển thị ở góc dưới bên phải của màn hình. Chiếc mũ sẽ biến mất sau khi quá trình lưu hoàn tất. Trò chơi được lưu trữ trên các khối trống hoặc không gian lưu trữ trên Wii hoặc thẻ nhớ của nó. Mọi tiến bộ đạt được trước khi đạt đến cuối chương hoặc cấp độ sẽ bị mất nếu cấp độ đó không được hoàn thành.
Người chơi có thể tải trò chơi đã lưu bằng cách chọn tùy chọn tải từ menu chính.
