Mục tiêu của Clue Jr. là tìm ra đứa trẻ đang trốn trong phòng nào với con vật cưng nào. Để giải quyết bí ẩn, người chơi phải đến thăm tất cả các phòng, mở cửa để tìm manh mối ẩn, và gạch tên trẻ em, vật nuôi và phòng mà cô ấy tìm thấy ở đó từ sổ tay thám tử của mình. Mỗi khi một mục nào đó bị gạch tên khỏi danh sách, trẻ em, phòng hoặc vật nuôi sẽ bị loại bỏ.
Một người chơi quay con quay số theo lượt của cô ấy và di chuyển quân cờ của cô ấy đến số khoảng trắng thích hợp theo bất kỳ hướng nào. Khi cô ấy tiếp đất trên một tấm thảm bên ngoài bất kỳ phòng nào, cô ấy có thể mở cửa. Bất kỳ mục nào nhìn thấy ở đó nên được gạch bỏ khỏi sổ tay thám tử của cô ấy. Cô ấy ở đó cho đến lượt tiếp theo, khi cô ấy có thể quay và chuyển động trở lại. Khi đáp xuống một cầu thang lối đi bí mật, cô ấy di chuyển qua lối đi và thoát ra từ không gian ở phía bên kia của tấm ván.
Người chơi tiếp tục thay phiên nhau quay cho đến khi người chơi chỉ còn lại một đứa trẻ, một căn phòng và một con vật cưng trên sổ tay thám tử của cô ấy. Người chơi nên cho những người chơi khác biết vật nuôi, trẻ em và căn phòng vẫn còn trên sổ ghi chép của cô ấy. Nếu những quân bài này trùng khớp với các quân bài ở cửa tiết lộ màu xanh lam rõ ràng, cô ấy sẽ thắng. Nếu chúng không khớp, cô ấy sẽ ra khỏi trò chơi và trò chơi sẽ tiếp tục cho đến khi người chơi khác đoán đúng.
