Số lượng tế bào lympho thấp có thể có nghĩa là cơ thể không tạo đủ tế bào lympho, theo Viện Tim, Phổi và Máu Quốc gia. Số lượng thấp cũng có thể có nghĩa là các tế bào lympho đang bị phá hủy hoặc bị mắc kẹt trong lá lách hoặc các hạch bạch huyết. Sự kết hợp của những nguyên nhân này cũng có thể tồn tại.
Các tình trạng, bệnh tật hoặc các yếu tố dẫn đến số lượng tế bào lympho thấp có thể mắc phải hoặc di truyền, Viện Tim, Phổi và Máu Quốc gia giải thích. Có được có nghĩa là một người không được sinh ra với một điều kiện nhưng phát triển nó theo thời gian. Được thừa kế có nghĩa là cha mẹ truyền lại gen cho một tình trạng bệnh. Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải, bệnh lao, viêm gan vi rút và sốt thương hàn là tất cả các bệnh truyền nhiễm có thể là nguyên nhân. Rối loạn tự miễn dịch cũng có thể dẫn đến số lượng tế bào lympho thấp. Các bệnh về máu và ung thư máu là những yếu tố có thể xảy ra khác. Liệu pháp steroid, hóa trị và xạ trị cũng có thể là thủ phạm.
Viện Tim, Phổi và Máu Quốc gia cho biết các tình trạng di truyền dẫn đến số lượng tế bào lympho thấp là rất hiếm. Những tình trạng này bao gồm hội chứng Wiskott-Aldrich, dị thường DiGeorge, hội chứng suy giảm miễn dịch kết hợp nghiêm trọng và chứng mất điều hòa-telangiectasia. Một người cũng có thể có số lượng tế bào lympho thấp mà không có nguyên nhân cơ bản nào. Nếu trường hợp này xảy ra và số lượng chỉ ở mức độ nhẹ, có thể không cần điều trị. Điều trị cho những người có tình trạng dẫn đến số lượng thấp bao gồm điều trị tình trạng cơ bản.