Ngoài việc sử dụng bẫy chuột, phương pháp hiệu quả duy nhất để tiêu diệt chuột là sử dụng mồi độc hại, theo Chương trình Quản lý Dịch hại Tổng hợp của Đại học California. Do những thay đổi trong luật vào năm 2011 , chỉ người tiêu dùng mới có thể sử dụng các trạm mồi dùng một lần.
Mặc dù các trạm mồi có thể hoạt động hiệu quả, nhưng các vấn đề nghiêm trọng hơn về chuột thường yêu cầu một chuyên gia kiểm soát dịch hại chuyên nghiệp được cấp phép sử dụng các dạng mồi độc hoặc thuốc diệt chuột khác. Những loại bả chuột độc hại này sử dụng thức ăn hoặc một số chất dẫn dụ khác trộn với một chất độc hóa học. Các loại độc tố chuột phổ biến nhất là thuốc chống đông máu có tác dụng chậm, ngăn máu đông lại. Sau khi ăn phải mồi trong vài ngày, chuột cuối cùng bắt đầu chảy máu bên trong và chết. Mặc dù những loại bả độc hại này có thể có hiệu quả, nhưng Bộ Y tế Môi trường Quốc gia San Diego khuyến cáo rằng những sản phẩm này chỉ được sử dụng ngoài trời.
Đối với chuột ở trong nhà, chỉ nên sử dụng bẫy vì mồi độc có thể khiến chuột chết trong nhà. Điều này sau đó có thể dẫn đến các vấn đề khác, chẳng hạn như mùi khó chịu hoặc ruồi. Điều quan trọng là đảm bảo tòa nhà được niêm phong hoàn toàn trước khi sử dụng chất độc bên ngoài vì lũ chuột có thể tìm đường vào bên trong trước khi chết.
