Các dấu hiệu của bể tự hoại đầy bao gồm cống di chuyển chậm, mùi khó chịu và nền đất sình lầy xung quanh bể hoặc ruộng thoát nước. Vệ sinh bể định kỳ trước khi các dấu hiệu này phát triển, giúp đảm bảo bể cung cấp dịch vụ hữu ích lâu dài.
Chất thải từ gia đình thoát vào bể, nơi nó phân tách thành ba lớp. Một lớp bùn vật liệu nặng hơn nước hình thành dưới đáy bể. Lớp váng mỡ và dầu mỡ hình thành trên cùng. Giữa váng và bùn là thể tích làm việc của bể, có thành phần chủ yếu là nước. Khi các lớp vật liệu rắn bắt đầu đầy bể, chúng rò rỉ trở lại đường ống thoát nước từ gia đình, gây tắc nghẽn, mùi hôi khí thải trong nhà hoặc hỏng hóc cống rãnh. Nước trên mặt đất là một dấu hiệu cho thấy trường thoát nước đang bị hỏng.
Chủ nhà sử dụng hệ thống tự hoại nên thực hiện các bước để bảo vệ bể. Bảo tồn nước giúp giảm căng thẳng cho hệ thống. Việc xả chất thải sinh hoạt như tã lót, phân vật nuôi, dầu mỡ nấu nướng và thức ăn dư thừa làm tăng sự tích tụ của các vật liệu rắn và tần suất bơm. Chất tẩy rửa cống rãnh và các hóa chất gia dụng khác cản trở hoạt động sinh học tự nhiên trong bể.
