Mặc dù cả ngọc trai tự nhiên và ngọc trai nuôi cấy đều là thật, nhưng cách tạo ra chúng là điểm khác biệt lớn nhất giữa chúng. Ngọc trai tự nhiên xuất hiện ở trai và hàu khi một chất kích thích, như hạt cát, lọt vào bên trong vỏ của sinh vật. Để bảo vệ, hai mảnh vỏ phủ lớp xà cừ, một dạng canxi cacbonat. Lớp xà cừ bảo vệ ngao khỏi những kẻ xâm nhập và tạo thành các lớp theo thời gian, tạo nên một viên ngọc trai tự nhiên bên trong vỏ.
Những người nuôi ngọc trai cố tình chèn hạt, là những hạt nhỏ hoặc mảnh tròn của vỏ trai, vào hai mảnh vỏ của vỏ trai để tạo ra ngọc trai. Quá trình nuôi cấy đòi hỏi một đến hai năm để tạo ra một viên ngọc trai xứng đáng với thị trường. Ngược lại, ngọc trai tự nhiên mất nhiều năm để phát triển đến kích thước mong muốn và có thể đắt gấp 10 lần so với những người anh em nuôi cấy của chúng.
Khi được kiểm tra, ngọc trai tự nhiên có các lớp giống như củ hành do sự phát triển chậm. Ngọc trai nuôi cấy không có lớp này, do chúng phát triển nhanh chóng. Các nhà kim hoàn thường sử dụng sự không có lớp này để phân biệt ngọc trai tự nhiên với ngọc trai nuôi cấy.
Những người nuôi ngọc trai có khả năng sản xuất hàng loạt ngọc trai với chất lượng và màu sắc phù hợp với chi phí thấp hơn cho các thợ kim hoàn và người tiêu dùng so với ngọc trai tự nhiên. Ngọc trai tự nhiên vẫn có uy tín lớn trong ngành trang sức, nhưng giá cả khiến chúng ít phổ biến hơn trên thị trường tiêu dùng bình thường.
