Cây anh đào ra hoa dễ bị nhiễm một số bệnh nấm, bao gồm bệnh thối nâu (còn gọi là bệnh bạc lá), bệnh đốm đen và bệnh chết héo Eutypa. Một khi cây bị nhiễm nấm thì không có cách nào chữa khỏi. Các chi bị hư hỏng phải được cắt bỏ và xử lý cẩn thận ra khỏi vườn. Những bệnh nấm phổ biến này có thể gây hại nghiêm trọng hoặc giết chết cây anh đào đang ra hoa.
Bệnh thối nâu lây nhiễm sang hoa của cây anh đào ngay khi chúng bắt đầu tàn vào mùa xuân. Đầu tiên nó xuất hiện dưới dạng những chấm đen nhỏ trên hoa và lan xuống các chi, di chuyển xuống các chi đến thân cây. Các chi bị nhiễm bệnh thối nâu phải được cắt tỉa lại cách vết bệnh ít nhất 8 inch. Nút thắt đen cũng lan ra vào mùa xuân. Nó bao phủ bên trong các nút trên cây cho đến khi hơi ấm và độ ẩm của mùa xuân giải phóng và phân tán các bào tử. Đầu tiên nó xuất hiện trên cây dưới dạng những nút bần từ từ chuyển sang màu xanh lục, sau đó chuyển sang màu đen. Bệnh hắc lào gây cản trở hệ tuần hoàn của cây, khiến các chi khô héo và chết. Bất kỳ cành nào có nhiều nút buộc phải được cắt tỉa đi, ít nhất là 3 inch dưới nút, trong mùa đông và đầu mùa xuân.
Nấm Eutypa lata gây chết cây anh đào vào cuối mùa xuân và mùa hè. Nó xâm nhập vào cây trong các giọt nước qua các chỗ cắt tỉa, làm cho các chi đột ngột bị héo và chết. Các chi bị héo phải được cắt tỉa lại ít nhất một bàn chân để khỏi bị nhiễm trùng. Với tất cả các bệnh nhiễm nấm, dụng cụ cắt tỉa phải được khử trùng giữa mỗi lần cắt và giữa các cây để ngăn ngừa nó lây lan. Thuốc diệt nấm có thể giúp ngăn ngừa nhiễm trùng nếu được sử dụng vào đầu mùa xuân.
