Khoảng thời gian cần thiết để hình thành ngọc trai thay đổi theo loài. Ngao, trai và hàu là những loài hai mảnh vỏ trong họ động vật thân mềm tạo ra ngọc trai bằng cách bao quanh chất gây kích ứng trong mô bên ngoài của sinh vật bằng xà cừ, sử dụng các lớp để tạo ra một viên ngọc trai.
Khi chất gây kích ứng nằm yên trong mô của hai mảnh vỏ, hai mảnh vỏ bắt đầu tiết ra xà cừ, một sự kết hợp của conchiolin và canxi cacbonat, trong các lớp mỏng để tạo ra một rào cản giữa chất kích ứng và mô của hai mảnh vỏ. Ở hầu hết các loài, tốc độ lắng đọng xà cừ là khoảng 0,6 mm mỗi năm, nhưng tỷ lệ này thay đổi theo loài. Aragonit hình thành bên trong xà cừ là nguồn gốc của ánh sáng và ánh kim làm cho ngọc trai có vẻ đẹp rực rỡ.
