Để xử lý giấy vệ sinh trong bể phốt nhanh nhất và đầy đủ nhất, tốt nhất nên dùng giấy vệ sinh một lớp. Giấy vệ sinh thông thường cũng được chấp nhận; không có bằng chứng cho thấy bất kỳ loại giấy vệ sinh nào gây hại cho bể tự hoại hoặc cống rãnh.
Giấy vệ sinh được quảng cáo là dày hơn và mềm hơn sẽ mất nhiều thời gian hơn để phân hủy trong bể tự hoại, điều này có nghĩa là phải bơm bể thường xuyên hơn. VeriAPedia khuyến cáo những người có bể tự hoại nên sử dụng giấy vệ sinh tái chế, vì đây là một lựa chọn thân thiện hơn với môi trường. Không phải chặt cây để sản xuất giấy vệ sinh tái chế và ít chất tẩy gốc clo hơn được sử dụng trong sản xuất, điều này làm giảm ô nhiễm nguồn nước ngầm.
