"IGI-2: Covert Strike" bao gồm 19 nhiệm vụ một người chơi bao gồm từ giám sát bí mật và vượt ngục cho đến các vụ trộm và các cuộc tấn công quy mô lớn. Các nhiệm vụ xảy ra ở nhiều dạng trong nhà và ngoài trời các địa điểm. Người chơi được chọn cách tiếp cận và hoàn thành mỗi nhiệm vụ.
Mỗi nhiệm vụ có một mục tiêu và có nhiều con đường có sẵn để hoàn thành từng mục tiêu này. Bởi vì người chơi đông hơn trong tất cả các nhiệm vụ, các cách tiếp cận lén lút thường là hiệu quả nhất, nhưng mỗi người chơi có thể chọn cách mình muốn chơi trên cơ sở từng nhiệm vụ. Các mức độ khó được đặt ở đầu mỗi trò chơi và các cảnh cắt trước đó và theo sau mỗi nhiệm vụ để kể câu chuyện của trò chơi.
