Nước giếng có thể bị bẩn khi hệ thống giếng thiếu được bảo dưỡng, có thể dẫn đến hư hỏng. Giếng có thể phải được làm sạch và vì một số người không bao giờ làm việc này nên nước có thể trở nên bẩn.
Điều này có thể xảy ra chỉ trong vài năm nếu giếng không được làm sạch đúng cách. Quá nhiều sắt, mangan và khí hydro sunfua có thể khiến nước giếng bị ô nhiễm. Những người gặp sự cố này có thể nhận thấy mùi khó chịu phát ra từ hệ thống nước của họ. Điều này có thể trở thành một vấn đề nghiêm trọng, khiến căn nhà có mùi giống như mùi hôi của cống rãnh hoặc lưu huỳnh.
Giếng cũng có thể bị nhiễm vi khuẩn, như coliform và các loại vi khuẩn khác. Đếm đĩa dị dưỡng có thể được sử dụng để tìm ra lượng vi khuẩn trong nước. Mặc dù bài kiểm tra này không thể cụ thể lắm nhưng nó đưa ra một bản tóm tắt tốt về tình trạng của giếng.
Khi vi khuẩn trở thành vấn đề, giếng phải được làm sạch và khử nhiễm. Nếu điều này không được thực hiện, giếng sẽ trở thành nơi sinh sản của vi khuẩn. Vi khuẩn có thể xâm nhập vào quần áo đã giặt cũng như đĩa, đồ gia dụng và trên cơ thể người khi họ cố gắng tắm vòi sen. Điều này không chỉ bẩn mà còn không tốt cho sức khỏe, vì những vi khuẩn này có thể gây bệnh.
