Chỉ trong Pokémon Black, bạn mới có thể bắt được Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus và Chỉnh sửa lại. Chỉ trong Pokémon White, bạn mới có thể bắt được Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus và Zekrom. Ngoài ra còn có một số thay đổi về thẩm mỹ và các trận chiến cụ thể cũng khác.
Pokémon Huyền thoại tham gia cùng người chơi để chiến đấu với nhân vật "N" bí ẩn phụ thuộc vào trò chơi mà người chơi có. Khi chơi Pokémon White, người chơi nhận được Pokémon hệ Điện và Rồng màu đen tên là Zekrom. Khi chơi Pokémon Black, người chơi nhận được Pokémon Reshiram hệ Lửa và Rồng màu trắng.
Pokémon Bộ ba Thời tiết Huyền thoại mà người chơi gặp phải cũng phụ thuộc vào phiên bản trò chơi mà người đó chơi. Người chơi Pokémon Black chạm trán Thundurus, trong khi người chơi Pokémon White chạm trán Tornadus. Cả hai Pokémon này đều cần thiết để có được quyền truy cập vào Landorus, vì vậy người chơi cần phải giao dịch giữa các phiên bản trò chơi để có được chúng.
Ngoài thực tế là mỗi phiên bản đều có một số Pokémon độc quyền nhất định, có sự khác biệt về mặt thẩm mỹ giữa Thành phố Opelucid và Thành phố Mistralton. Drayden là trưởng phòng tập thể dục của Opelucid trong Pokémon Black nhưng trong Pokémon White, đó là Iris.
Serebii giải thích rằng trong Pokémon Black, có một khu công nghiệp được gọi là Thành phố Đen; nhưng trong Pokémon White, nó được thay thế bằng một khu vực gọi là White Forest. Trong Pokémon Black, các thành phố có vẻ cao cấp và tương lai hơn. Các tòa nhà có đèn neon, cửa tự động và nhà kính. Trong Pokémon White, các thành phố mang phong cách nông thôn và truyền thống hơn. Các tòa nhà có lối đi bằng đá rêu phong, chuồng trại và khu vườn.
Theo Bulbapedia, trong cả hai trò chơi đều có một nhân vật được gọi là Charles, kẻ phá vỡ trái tim. Trong Pokémon Black, anh ta thách thức người chơi trong một trận chiến xoay vòng; và trong Pokémon White, anh ấy thách thức người chơi trong trận chiến tay ba.
