Các nguyên nhân dẫn đến nước có màu nâu và đục có thể bao gồm rỉ sét trong đường ống, các vấn đề khác liên quan đến sắt, thấm bề mặt và các vấn đề về cấu trúc giếng. Để chẩn đoán chính xác yêu cầu xét nghiệm nước tại phòng thí nghiệm, điều này phải được thực hiện trước khi gọi thợ sửa ống nước.
Rỉ sét nói chung là nguyên nhân gây ra sự cố khi chỉ có nước nóng bị đổi màu. Gỉ cũng có thể gây ra nếu cả đường ống nóng và lạnh đều có nước màu nâu, nhưng điều này thường xảy ra khi chỉ có một thiết bị cố định đường ống dẫn nước trong nhà gặp sự cố. Khi nguồn cấp nước bị ngắt và bật lại, các vết rỉ sét trong đường ống nước thường xảy ra và làm cho nước có màu nâu. Các nguyên nhân khác khiến sắt trong nước bao gồm nước thấm từ mưa và ăn mòn vỏ giếng bằng thép.
Ngập lụt, mưa quá nhiều hoặc tuyết tan cũng có thể khiến nước có màu nâu và đục do thấm trên bề mặt. Những sự cố này gây ra sự cố nếu nắp giếng không được bịt kín hoặc bị hỏng. Việc kiểm tra giếng tìm vi khuẩn coliform và phân coliform có thể chỉ ra sự xâm nhập bề mặt vì bề mặt giếng bị hư hại có thể tạo điều kiện cho các loại vi khuẩn này xâm nhập vào giếng.
Một vấn đề với cấu trúc giếng hoặc mực nước cũng có thể là nguyên nhân dẫn đến nước có màu nâu trong giếng. Máy bơm giếng có thể kéo bùn lên hoặc có thể va vào thành hố giếng, điều này xảy ra khi có sự thay đổi về mức hoặc nguồn cấp nước.
