Một số ưu điểm của phương pháp thủy canh bao gồm sử dụng ít nước và phân bón, giảm yêu cầu bảo dưỡng, năng suất cây trồng cao, hiệu quả về không gian và khả năng phát triển cây trồng trong điều kiện khắc nghiệt và quanh năm. Nhược điểm của thủy canh là chi phí thiết lập và vận hành hệ thống cao.
Hệ thống thủy canh giảm lượng nước sử dụng vì nước được cung cấp trực tiếp đến rễ cây. Hệ thống cũng cho phép tái chế nước tưới. Vì nước được cung cấp cho rễ cây, nó giảm thiểu thất thoát phân bón do chảy ra ngoài, do đó giảm lượng phân bón cần thiết.
Một ưu điểm khác là hệ thống không yêu cầu loại bỏ cỏ dại thường xuyên. Vì ánh sáng, chất dinh dưỡng và mức độ pH được kiểm soát trong hệ thống thủy canh, người trồng có thể kiểm soát tốt hơn quá trình tăng trưởng và có thể dễ dàng bảo vệ cây trồng khỏi các chất ô nhiễm và sâu bệnh. Nhờ đó, năng suất cây trồng từ hệ thống thủy canh cao. Ngoài ra, thực vật có xu hướng phát triển nhanh hơn trong điều kiện thuận lợi, điều này làm tăng số chu kỳ sinh trưởng trong một khoảng thời gian cụ thể.
Vì hệ thống thủy canh không phụ thuộc vào các điều kiện môi trường bên ngoài như chất lượng đất, sự sẵn có của ánh sáng mặt trời và các mùa thay đổi, cây có thể được trồng ngay cả trên sa mạc, ở những vùng có chất lượng đất kém và quanh năm. Ngoài ra, cây trồng bằng phương pháp thủy canh có rễ nhỏ hơn, cho phép chúng mọc gần nhau hơn.
Tuy nhiên, chi phí thiết lập hệ thống thủy canh cao hơn chi phí bắt buộc để bắt đầu một khu vườn dựa trên đất. Vì hệ thống đòi hỏi nhiều lao động hơn, nên chi phí vận hành của nó cũng cao. Các thiết lập quy mô lớn tiết kiệm chi phí hơn các thiết lập nhỏ hơn.
