Các thẻ Pokemon hiếm bao gồm thẻ Charizard ba chiều phiên bản đầu tiên, thẻ Raichu ba chiều trước khi phát hành và thẻ Illustrator Pikachu. Các thẻ Charizard và Raichu đều được phát hành theo bộ, trong khi Illustrator Pikachu thì thẻ khuyến mại.
Thẻ Charizard ba chiều phiên bản đầu tiên nằm trong bộ thẻ Pokemon đầu tiên. Phiên bản không có bóng của thẻ, không có góc vát bóng tiêu chuẩn trong hình ảnh chính, là phiên bản hiếm hơn và có giá trị hơn. Các phiên bản không bóng của thẻ với loại tình trạng cao có giá trị hơn 1.000 đô la, tính đến năm 2015.
Thẻ Raichu trước khi phát hành có đóng dấu từ "Prerelease" ở góc dưới cùng bên phải của hình ảnh chính. Chỉ có tám thẻ Raichu có con tem này, khiến nó có giá trị khoảng 10.000 đô la.
CoroCoro, một tạp chí từng bán Pokemon, đã tạo ra các thẻ Illustrator Pikachu. Nó đã trao những tấm thẻ có hình ảnh Pikachu đang cầm cọ sơn, cho những người chiến thắng trong cuộc thi minh họa thẻ Pokemon. Chỉ có sáu thẻ trong số này tồn tại. Thẻ Pikachu Illustrator không có lớp phủ được bán với giá 20.000 đô la và những thẻ có loại cao cấp còn có giá trị cao hơn nhiều.
Hầu hết các thẻ Pokemon đều có biểu tượng hiếm ở góc dưới cùng bên phải. Biểu tượng hiếm này cho biết tần suất thẻ xuất hiện trong các gói tăng cường.
