Một số nhược điểm của quản lý dịch hại tổng hợp, hoặc IPM, là việc sử dụng nó đòi hỏi phải theo dõi thường xuyên, nó không thể được sử dụng cho tất cả các loài gây hại, có thể khó xác định khi nào sử dụng thuốc xịt, nó không có tác dụng với tất cả môi trường và người thực hành phải hiểu cách thức hoạt động của IPM và tuân thủ các thực hành một cách nhất quán. Mục đích của IPM là giảm tần suất phải sử dụng thuốc trừ sâu và một số phương pháp được sử dụng bao gồm kiểm soát sinh học, kiểm soát hóa học, kiểm soát văn hóa và chọn giống.
IPM cũng có một số lợi thế. Thứ nhất, những người phun hóa chất sẽ ít gặp rủi ro về sức khỏe hơn vì hóa chất sẽ không được phun thường xuyên. Thứ hai, sẽ không có nhiều nhu cầu sử dụng hóa chất trong tương lai. Ngoài ra, sẽ ít kháng thuốc trừ sâu và ô nhiễm hơn.
