Các giải pháp thay thế cho hệ thống tự hoại gia đình truyền thống bao gồm bộ lọc cát tuần hoàn, nhà vệ sinh làm phân trộn, hệ thống tự hoại thoát hơi nước và hệ thống hiếu khí. Việc các phương pháp này hay các phương pháp thay thế khác có chi phí thấp hơn các hệ thống truyền thống hay không phụ thuộc vào nhiều yếu tố, chẳng hạn như quy mô nhà, quy định của địa phương và mức phí do các nhà thầu địa phương tính.
Các phương pháp xử lý chất thải thay thế có thể tương tự như các hệ thống tự hoại truyền thống, chẳng hạn như hệ thống nước xám hoặc các phương pháp tiêu hủy chất thải, chẳng hạn như đốt nhà vệ sinh. Các phương pháp bổ sung bao gồm hệ thống đầm phá và giường nâng.
Hệ thống tự hoại hiếu khí xử lý nước thải bằng hóa chất khử trùng, cho phép xả nước vào mạch nước ngầm mà không cần sử dụng bể tự hoại.
Các quy định ở một số khu vực cấm một số loại hệ thống tự hoại, thường là do mực nước ngầm hoặc các tiêu chí sử dụng đất khác.
