"Pokémon Yellow" nắm giữ nhiều bí mật, bao gồm các Pokémon đặc biệt, kỹ thuật ẩn và vật phẩm bí mật. Không giống như trong "Pokémon Red" hoặc "Pokémon Blue", bạn có thể thu được cả ba Pokémon khởi đầu. Để có được Squirtle, trước tiên người chơi phải đánh bại Lt. Surge. Sau đó, họ phải tìm Cảnh sát Jenny ở giữa thành phố; cô ấy cung cấp các Pokémon nước mạnh mẽ.
Bạn có thể tìm thấy Charmander bằng cách đến Thành phố Cerulean và đánh bại năm người huấn luyện trên cây cầu đi về phía bắc. Sau khi đánh bại các huấn luyện viên, người chơi có thể đi đến lối đi vuông đầu tiên và nói chuyện với người đàn ông ở đó; anh ta từ bỏ một Charmander. Bulbasaur cũng được tìm thấy ở thành phố Cerulean. Người chơi có thể đến ngôi nhà bên cạnh Trung tâm Pokémon để gặp Melanie, người đang chăm sóc những Pokémon bị thương. Nếu Pikachu vui, Melanie sẽ tặng Bulbasaur của mình cho người chơi. Nếu Pikachu không hài lòng, người chơi có thể cho Pikachu 5 lọ thuốc liên tiếp rồi nói chuyện lại với Melanie.
Để tìm Zapdos huyền thoại, người chơi nên sử dụng kỹ thuật Lướt sóng để xuống nước gần Rock Tunnel. Họ phải đi theo con suối đến Nhà máy điện để xác định vị trí của Zapdos gần lối ra. Để tìm kỹ thuật Bắt chước ẩn, trước tiên người chơi phải mua một Pokédoll tại Celadon Mart. Sau đó, anh ta phải đến Saffron City và nói chuyện với Copycat, người chia sẻ kỹ thuật hiếm có. Trong Celadon City, người chơi có thể kiểm tra Góc trò chơi để tìm một số đồng xu bí mật. Họ có thể xung quanh và nhấn "A" liên tục để tìm những đồng tiền này trên sàn.
