Có nhiều máy chủ "Minecraft" dành riêng cho gói mod Pixelmon, mỗi máy chủ đều có những ưu điểm riêng. Để chơi, trước tiên hãy cài đặt gói mod Pixelmon thông qua Technic Launcher hoặc Forge mod loader, sau đó chọn một máy chủ để tham gia.
Gói mod Pixelmon thay đổi trò chơi "Minecraft" để tạo ra trò chơi lai với trò chơi "Pokémon". Người dùng mới bắt đầu được nhắc chọn một Pokémon khởi đầu và sau đó được cấp miễn phí để chiến đấu và bắt các Pokémon khác. Poké Balls được chế tác bằng Apricorns, thỏi sắt và nút đá. Để chiến đấu với một Pokémon hoang dã hoặc một huấn luyện viên đồng nghiệp, hãy tung Poké Ball và đánh đối thủ mong muốn của bạn. Thao tác này sẽ mở menu chiến đấu.
Khi tham gia máy chủ Pixelmon, các tùy chọn mới để chơi sẽ xuất hiện. Thương mại trở nên sẵn có, cũng như các sự kiện, cuộc thi và xây dựng nhóm. Một số máy chủ tùy chỉnh trò chơi thêm bằng cách loại bỏ thiệt hại do ngã, đói và mob "Minecraft" tự nhiên. Các máy chủ khác tập trung nhiều hơn vào môi trường và tạo ra các cấu trúc phức tạp cho các PokéCenters và phòng tập thể dục. Kể từ ngày 12 tháng 7 năm 2015, ba máy chủ Pixelmon hàng đầu trên Pixelmonservers.com là DestinyMC, RC-Pixelmon và PPMC Pixelmon Network.
Nhiều máy chủ Pixelmon khối lượng lớn cung cấp các dịch vụ trả phí, chẳng hạn như tăng thứ hạng người chơi hoặc các vật phẩm hiếm trong trò chơi. Các ưu đãi và phí này khác nhau.
