Có thể làm sạch bộ lọc HEPA, nhưng cần cẩn thận để không làm hỏng bộ lọc. Tốt nhất nên vệ sinh bộ lọc ở khu vực có luồng không khí thích hợp để ngăn các hạt bụi ảnh hưởng đến bất kỳ ai.
Cách tốt nhất để làm sạch bộ lọc HEPA là bắt đầu sử dụng ống đựng khí nén. Bộ lọc HEPA nên được đặt trên thùng rác và phải sử dụng khí nén để hút hết bụi khỏi bộ lọc; điều này nên được thực hiện ở cả hai bên và lặp lại. Sau khi sử dụng khí nén, bộ lọc HEPA nên được rửa sạch bên ngoài bằng vòi. Đảm bảo kiểm soát dòng nước khi sử dụng vòi, vì áp suất có thể làm hỏng bộ lọc nếu quá cao.