Có thể làm sạch lớp lót hồ bơi bằng dung dịch thuốc tẩy và nước hoặc bằng cách sử dụng muối nở. Duy trì đúng thành phần hóa học của nước cũng là điều cần thiết để ngăn ngừa vết bẩn.
Vệ sinh lớp lót hồ bơi đúng cách đòi hỏi bạn phải biết nguyên nhân gây ra vết bẩn. Nếu các vết bẩn có màu xanh lá cây hoặc nâu, thì rất có thể chúng là do các chất hữu cơ, chẳng hạn như tảo hoặc các chất thực vật khác gây ra. Màu nâu đỏ rất có thể có nghĩa là vết bẩn do rỉ sét.
Việc điều chỉnh thành phần nước của hồ bơi có thể loại bỏ các vết bẩn hữu cơ mà không cần phải loại bỏ lớp lót hoặc chà mạnh. Mức độ pH phải từ 7,2 đến 7,6, và mức clo nên từ 1,5 đến 2,5. Mức độ cứng của canxi phải ở mức 200 đến 300 phần triệu, trong khi mức độ kiềm phải ở mức 80 đến 100 phần triệu. Khi các mức này mất cân bằng, hồ bơi có thể là nơi lý tưởng cho tảo hoặc các sinh vật khác phát triển. Làm sạch hộp skimmer và các khu vực có vấn đề khác bằng giẻ có tẩm baking soda sẽ không chỉ loại bỏ một số vết bẩn mà còn làm tăng độ pH và nồng độ kiềm trong hồ bơi.
Các vết bẩn không thể loại bỏ thông qua việc điều chỉnh nồng độ hóa chất trong nước nên được loại bỏ bằng dung dịch tẩy được pha từ một phần thuốc tẩy và hai phần nước. Xả nước hồ bơi và loại bỏ lớp lót là cần thiết để giải pháp có hiệu quả. Dung dịch nên được áp dụng cho lớp lót và để yên trong một giờ trước khi rửa sạch. Có thể phải chà thêm. Quy trình này được lặp lại khi cần thiết để loại bỏ các vết bẩn cứng đầu.