Không nên dùng chất tẩy clorox để làm sạch cơ chế pha cà phê của bình pha cà phê. Có thể sử dụng chất tẩy nhẹ và dung dịch nước để làm sạch bề mặt bên ngoài của máy pha cà phê hoặc bộ lọc.
Vệ sinh máy pha cà phê hàng tháng giúp loại bỏ cặn nước cứng có thể khiến cà phê có vị khó chịu. Cách tốt nhất để làm sạch máy pha cà phê là thêm dung dịch gồm một nửa giấm trắng và một nửa nước vào bình chứa. Sau đó, máy pha cà phê nên được bật, cho phép một số cốc chảy qua. Máy pha cà phê nên được tắt trong một giờ, sau đó bật lại để cho phần còn lại của hỗn hợp chảy hết. Nước sạch sau đó phải được chảy qua máy pha cà phê cho đến khi hết mùi giấm.