Khăn ướt thường có mùi hôi vì chúng đã trở thành nơi sinh sản của vi trùng, nấm mốc. Khi những sinh vật này phát triển trong môi trường ẩm ướt của khăn ướt, chúng sẽ phát ra mùi. Điều này đặc biệt xảy ra khi khăn ướt không được treo lên để khô sau khi sử dụng, tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển và gây mùi.
Theo Home Ec 101, khăn ướt cũng thường tích tụ vi khuẩn và nấm mốc trong khi giặt, đặc biệt là trong máy giặt cửa trước có thể chứa nấm mốc. Sử dụng quá nhiều bột giặt trong chu trình giặt cũng có thể tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển, vì các phân tử bột giặt thừa không được hấp thụ vào dung dịch nước giặt có xu hướng thu hút sự phát triển của vi trùng.
Có thể loại bỏ mùi hôi của khăn bằng cách cho khăn vào giặt với một cốc giấm được thêm vào chu trình xả hoặc 1/2 cốc muối nở được sử dụng thay cho bột giặt. Thêm hàn the vào chu trình giặt cũng giúp khử mùi hôi.
Làm khô khăn, nếu thời tiết cho phép, thay vì cho vào máy sấy cũng giúp loại bỏ mùi hôi. Hạn chế của dòng khăn làm khô là vải thường có cảm giác cứng và khó chịu. Cách khắc phục cho vấn đề này là quăng khăn khô trở lại máy sấy cùng với một hoặc hai quả bóng tennis để làm mềm khăn và làm cho chúng mềm trở lại.