Cà chua bị thối trên cây nho vì một số lý do, bao gồm độ ẩm không phù hợp, quá nhiều ánh nắng mặt trời, nhiễm sâu bệnh và tiếp xúc với bệnh. Ba vấn đề đầu tiên có thể được giải quyết khi cây phát triển để giảm thối trong tương lai trái cây, nhưng cây trồng bị nhiễm bệnh nên bị tiêu hủy.
Sự xâm nhập của dịch hại là một trong những vấn đề dễ chẩn đoán nhất vì những con bọ này thường xuất hiện và ảnh hưởng của chúng rất khác nhau. Bọ xít tạo ra các đốm đen trên cà chua khi chúng ăn, để lại một vùng chuyển sang màu vàng hoặc vẫn xanh khi quả chín. Hornworns thường được tìm thấy dưới lá và vết ăn của chúng rõ ràng trên lá và quả.
Khi cà chua nhận được quá nhiều ánh nắng mặt trời, một tình trạng gọi là cháy nắng sẽ xảy ra và quả phát triển các mảng trắng với kết cấu da sần sùi. Bệnh thối đầu hoa xảy ra khi cà chua nhận được độ ẩm không phù hợp, ức chế khả năng nhận canxi của cây. Bệnh thối gây ra những đốm nâu nhạt trên phần cuối của quả cà chua và những đốm này cuối cùng chuyển sang màu đen.
Cà chua dễ bị bệnh bạc lá, vi rút khảm thuốc lá và bệnh héo rũ. Các dấu hiệu của những bệnh này bao gồm các vùng bị mốc, xám trên quả, cũng như các lá bị méo và đóng hộp trên quả hoặc thân. Các bệnh ảnh hưởng đến cà chua có thể vẫn còn trong đất và dịch vụ khuyến nông của Đại học Bang Colorado khuyến cáo nên trồng các loại cây khác ở những khu vực bị ảnh hưởng ít nhất hai năm sau khi bệnh được phát hiện.
