Mặc dù FDA đã không loại bỏ bất kỳ chất khử trùng dạng lỏng nào sử dụng cồn làm tác nhân chính để sử dụng trong các cơ sở y tế, nhưng cồn isopropyl đã được chứng minh là có hiệu quả trong việc tiêu diệt vi sinh vật trong một số điều kiện nhất định, theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh. Trong số các loại cồn khác nhau có sẵn để khử trùng, cồn isopropyl luôn là một trong những chất diệt khuẩn mạnh nhất.
Theo báo cáo của CDC, các thử nghiệm lâm sàng đã được tiến hành trên rượu metylic, rượu etylic và rượu isopropyl để xác định hiệu quả tương đối của chúng trong việc khử trùng bề mặt. Tất cả các dạng rượu đều bị giảm hiệu quả đáng kể khi pha loãng đến nồng độ dưới 50%. Không có chất nào được chứng minh có khả năng tiêu diệt bào tử vi khuẩn hoặc thâm nhập vào các lớp protein dày. Tuy nhiên, trong số các giống được thử nghiệm, rượu isopropyl đã chứng minh khả năng tiêu diệt vi rút đối với cả bệnh viêm gan B và mụn rộp. Nó có hiệu quả hơn một chút so với rượu etylic trong việc khử trùng cả quần thể E. coli và S. aureus.
Người ta cũng phát hiện ra rằng cồn isopropyl có hiệu quả trong việc khử trùng đầu dò có thể tái sử dụng. Tuy nhiên, CDC cảnh báo rằng các chất diệt khuẩn gốc cồn thường không được khuyến cáo để khử trùng dụng cụ phẫu thuật. Điều này là do không có tác nhân nào được thử nghiệm có thể quét sạch bào tử của các loại trực khuẩn khác nhau một cách đáng tin cậy và các trường hợp nhiễm trùng gây tử vong đôi khi được bắt nguồn từ việc sử dụng các dụng cụ được xử lý bằng cồn.
