Hệ sinh thái biển và nước ngọt tương tác trong các hệ sinh thái ven biển, nơi hai môi trường đan xen trong đầm lầy ngập mặn, cửa sông và vịnh giữa các môi trường khác. Sự hòa trộn giữa nước ngọt và nước mặn làm phát sinh các khối sinh thái độc đáo và đa dạng sinh học không thể tồn tại trong mọi điều kiện trừ những điều kiện được cung cấp bởi các hệ sinh thái ven biển.
Các đầm lầy ngập mặn xảy ra ở nơi nước mặn và nước ngọt trộn lẫn, tạo điều kiện cho các cây ngập mặn cao chót vót phát triển, sau đó tạo thành các đường nước và vũng nước do sự phát triển của hệ thống rễ của chúng. Những môi trường giống như đầm lầy độc đáo này là nơi sinh sống của các loài giáp xác, cá và nhiều loại động vật khác phát triển mạnh trong điểm giao thoa giữa các hệ sinh thái.
Một số loài động vật có thể di chuyển tự do giữa nước ngọt và nước mặn. Những loài động vật này bao gồm cá sấu nước mặn và một số loài cá. Do đó, chúng có thể thích nghi với nhau, ra vào các hệ sinh thái ven biển mà không phải lo lắng về việc các cơ quan của chúng bị hư hại do không có khả năng xử lý một trong các môi trường nhất định.
Các hệ sinh thái ven biển rất nhạy cảm với hoạt động của con người và do quy mô hạn chế và tỷ lệ đa dạng chuyên biệt cao, chúng có thể bị hủy hoại nghiêm trọng do ô nhiễm và do chèo thuyền. Nhiều hệ sinh thái ven biển đang gặp rủi ro do vận chuyển và các hoạt động khác của con người trong hoặc xung quanh biên giới của chúng, khiến những hệ sinh thái này trở thành một trong những hệ sinh thái mong manh nhất trên thế giới.